a) Le projet d’une science métaphysique a rapidement été contesté. Naturellement d’abord par les philosophes sceptiques. Hume, par exemple, a remis en cause le cogito cartésien en montrant que la conscience ne donnait nullement accès à un moi intérieur unifié. Réveillé dans son « sommeil dogmatique » par les analyses huminennes, Kant a cherché, dans la Critique de la raison pure à établir les limites du pouvoir de connaître de l’entendement seul, c’est-à-dire, hors de l’appui de l’expérience sensible. Dans l’un de ses textes il en vient ainsi à critiquer les tentatives rationalistes pour prouver l’existence de Dieu. Selon lui, on ne saurait déduire une existence d’une essence. Ainsi, il est impossible de prouver, ni l’existence de Dieu, ni son inexistence. Les questions que l’on se pose au sujet des objets métaphysiques ne sont pas susceptibles d’obtenir une réponse de type scientifique.  

b) Le positivisme scientifique s’est ainsi construit sur l’idée que la science ne pouvait apporter des réponses qu’en ce qui concerne des objets d’expérience possible, des faits. Pour Auguste Comte dans son Cours de philosophie positive, la science doit se contenter d’expliquer « comment » les phénomènes naturels et humains se produisent et ne jamais chercher à donner réponse à la question « pourquoi » ils se produisent ainsi et pas autrement, ce qui relève d’une interrogation métaphysique.  

c) Cependant, faut-il pour autant renoncer à s’interroger sur les grandes questions métaphysiques ? Le fait qu’elles ne soient pas justiciables d’une réponse de type scientifique, démontrée ou prouvée par l’expérience, les rend-elles nulles et non avenue ?